Se hai creato le ossa nel modeler ( skelegons ) puoi intervenire sul loro orientamento tramite Edit Skelegons che normalmente è disattivato;
prima selezioni lo skelegon interessato, poi attivi Edit Skelegons e apparirà una maniglia azzurrina che potrai orientare come meglio credi influenzando direttamente lo skelegon.

Se lo hai fatto direttamente nel Layout, allora sarà meglio disattivare la bone, ruotarla in modo da avere il giusto orientamento ... ma bisognerebbe vedere in dettaglio cosa hai combinato

Ciao
Tony