beh, è un pò difficile rispondere senza vedere un'immagine del lavoro, o almeno avere una descrizione un pò più dettagliata di quello che stai facendo..ma vediamo se riesco comunque a darti una mano..
allora, supponiamo che i rilievi siano da compiere su una superficie piana orizzontale (partiamo dal semplice)
nella vista dall'alto, su un altro layer, disegna il contorno dell'area che dovrà essere la fessura.
poi ritorni del livello del piano, metti in trasparenza il secondo livello, vai su: construct -> drill -> stencil, e selezioni l'asse perpendicolare al piano, in questo caso "Y".
dai un altro nome alla superficie che si crea(riquadro in basso)
dai OK.
poi in basso clicchi su statistic, (attenzione che non devi essere su point o edges, ma su poly) dalla voce "surf" selezioni fessure.
vai su Multiply->Smooth Shift e clicchi sull'area selezionata.
premi "t" per muovere in basso o in alto l'area selezionando, scegliendo tu se far diventare fessure o rilievi le aree selezionate.
mi rendo conto che l'esempio che ti ho fatto riguarda un caso molto banale, e immgino ivece che il tuo sia più complesso...
spero di essertistato di aiuto, ma se non lo sono stato di chiedo di "aiutarmi ad aiutarti" descrivendomi più dettagliatamente quello che stai facendo..
ciao