uhm, se non regali una copia del tuo gioco, nessuno ti aiuterà, ecco.
battute a parte...

in generale se crei una uv e poi esporti l'obj, quando carichi l'oggetto in zbrush vengono usate queste uv. anche se coprono solo una parte dell'oggetto.
eventualmente prova a usare il polygroups (crei un gruppo di punti su lw prima di esportare la mesh low poly) e poi da zbrush selezioni il polygroups creato dal gruppo di punti.

anyway, non è possibile esportare anche una mappa a 4096 x 2048, in modo che quando esporti e tagli a metà hai la risoluzione che ti serve.

eventualmente potresti anche esportare metà oggetto e via, o no?