Prova a ripensare la forma base:
puoi ruotare il cilindro in modo che due degli spigoli coincidano nello stesso punto in cui si troverebbero gli Edge incriminati che non andranno aggiunti,
oppure ricreare il cilindro partendo da un sezione ottagonale anziché esagonale ottenendo il medesimo risultato sopra descritto senza il bisogno di ruotare il tutto,
poi aggiungi le geometrie rientranti alla Mesh prima di convertire in Subpatch e non dovresti avere problemi.