Il canale alpha gestisce le trasparenze grazie all'utilizzo di bianco, nero e toni di grigio: il bianco è totalmente opaco, il nero totalmente trasparente e i diversi livelli di grigio danno trasparenze di diverse gradazioni.
Se tu sovrapponi due immagini il risultato è quello di vedere solo quella che si trova più in alto, un'immagine alpha applicata a quella superiore ti permette di ritagliarne la parte che non ti interessa e far apparire l'area corrispondente dell'immagine inferiore.

Ciao.