SCENE=subprocess.Popen(['winepath', '-w ' + SCENE], stdout=subprocess.PIPE).communicate()[0]
PROJECTDIR=subprocess.Popen(["winepath", "-w "+PROJECTDIR], stdout=subprocess.PIPE).communicate()[0]
CONFIGDIR = subprocess.Popen(["winepath", "-w "+CONFIGDIR], stdout=subprocess.PIPE).communicate()[0]

Secondo me l'arcano è in queste 3 righe... dovresti controllare se nel path della scena/progetto/configurazione ci sono dei trattini seguiti da uno spazio...

Potrebbe essere un problema di conversione di path...
Inoltre, sembra che voglia aprire una finestra... se il comando lo lanci da remoto e non "a manella", senza X attivo non funziona...