tutti i passaggi automatizzati implicano, inevitabilmente dei pro e dei contro.
i contro sono avere un unico modello che sarebbe difficile da sistemare o a cui apportare delle piccole modifiche pertanto io preferisco avere l'oggetto con i layer separati in base ai materiali da assegnare e non un unico oggetto con surface diverse.
penso anche che il passaggio nel modeler sia inevitabile per la pulitura dei modelli importati/riduzione delle facce/punti/poligoni vari.
consideriamo poi con cosa andiamo a renderizzare, infatti sia kray che maxwell segnalano eventuali errori di modellazione.

poi dipende anche cosa si deve renderizzare....e con quale finalità...insomma non credo esista una soluzione ultima ma varie soluzioni per tutto!!!